Juan Román Riquelme(Segunda Parte)

José Pekerman, quién había asumido dos años antes, le asigna por primera vez a Riquelme la histórica camiseta Nº 10 de la Selección (hasta entonces usaba la Nº 8). Desde el inicio de su ciclo, Pekerman confió en él como eje del equipo nacional. En los partidos de la fase de grupos Argentina finalizó en primer lugar. En el debut, se impuso 2-1 a Costa de Marfil. El 14 de junio, la Selección jugó su mejor partido y venció con un categórico 6-0 a Serbia y Montenegro. El último partido de la fase de grupos fue un 0-0 ante Países Bajos. En octavos de final, Argentina se enfrentó a México y ganó en tiempo suplementario 2-1. Frente al equipo anfitrión, Alemania, Riquelme tuvo un encuentro regular, como el resto del equipo. Aun así, tuvo total participación en la conquista del gol argentino: ejecutó un centro preciso para que Roberto Ayala abriese el marcador, incluso el defensor argentino festejo el gol señalando a Riquelme y gritándole "es tuyo, es tuyo". En el segundo tiempo, Pekerman decidió reemplazarlo y una vez fuera, a los pocos minutos empató Alemania. Luego de la paridad en el tiempo suplementario, el equipo local se impuso por penales 4-2 y dejó fuera de la competencia a los argentinos.
Por la expectativa generada tras el partido ante Serbia y Montenegro, buena parte del periodismo y de la opinión pública catalogó el desempeño del equipo, y particularmente el de Riquelme, como un fracaso. Sin embargo, el seleccionado argentino terminó el torneo invicto y Riquelme fue premiado por la FIFA como el jugador que más asistencias de gol sirvió en el certamen.

En septiembre de 2006 fue convocado por el nuevo entrenador de la Selección Nacional Alfio Basile, quién lo nombró capitán del equipo. Con pocos entrenamientos, el equipo enfrentó a Brasil y es goleado 0-3. Nuevamente, Riquelme recibió gran parte de las críticas y responsabilidades la derrota. En Buenos Aires, esto afectó la salud de su madre -internada en dos oportunidades-, motivo por el cual, tras hablar con Basile, dio a conocer públicamente su renuncia a la Selección Argentina en un reportaje por TV. A fines de noviembre, en Villarreal se le criticó a Riquelme haber retornado a su país para asistir al nacimiento de su tercer hijo. Otro motivo de disgusto para la Comisión Deportiva fue el pedido que lideró (junto a otros compañeros sudamericanos) de regresar a los entrenamientos luego del receso por las Fiestas el 2 de enero de 2007, y no el 29 de diciembre de 2006 como finalmente ocurrió, motivo por el cual estuvo casi dos meses sin jugar.
El 17 de febrero de 2007 reapareció luego de casi cinco años en La Bombonera, que lo recibió con el cariño de siempre. Su vuelta, influenciada por una prolongada inactividad, no fue buena: frente a Rosario Central, Boca apenas empató 1-1.
No obstante, su rendimiento fue creciente. Por la fase de grupos de la Copa Libertadores el equipo tuvo buen juego pero los resultados no fueron los ideales, por lo que llego a la última fecha con la necesidad de marcar al menos 4 goles ante el Club Bolívar en cancha de Vélez (debido a que incidentes en 2005 habían dispuesto la suspensión del estadio). Boca ganó 7-0 logrando no solo la clasificación sino evitar viajar al exterior ya que la diferencia de gol le permitía enfrentar a Vélez. En octavos de final de la Copa Libertadores marcó 2 goles (un gol olímpico) ante Vélez Sársfield (global 4-3) jugando superlativamente y siendo eje del equipo. En cuartos, tuvo una descollante actuación ante Libertad de Paraguay de visitante marcando un gol aún estando lesionado (global 3-1). El gol fue el primero del partido cuando mejor se defendía el rival.

En semifinales, Boca superó a Cúcuta de Colombia en un partido que se jugó con una visibilidad casi nula debido a la neblina que había aquel día. El papel de Román en la final contra Grêmio fue decisivo. Previo al partido, Riquelme comentó que sería su último partido en La Bombonera (al menos en esta etapa) y el desenlace no pudo ser mejor. Nuevamente fue figura, Boca ganó 3-0 y fue despedido con una ovación por todo el público xeneize. El 20 de junio, en el partido final en Porto Alegre, marcó los dos goles en la victoria 2-0. El resultado global fue 5-0 (récord en finales). Boca logró su sexta Copa Libertadores y la tercera para Riquelme, goleador del equipo con 8 tantos en 11 encuentros. Como sucediera en 2001, fue elegido el Mejor Jugador de la Final de la Copa Toyota Libertadores. En solo 123 días desde su retorno, recuperó su mejor nivel y aceptó un nuevo llamado de Alfio Basile para defender la camiseta argentina.
En la madrugada del día siguiente a conseguir la Copa Libertadores 2007 con Boca Juniors, regresó a Buenos Aires y partió con la Selección a disputar la Copa América 2007 en Venezuela. Pese a no tener más que una semana de entrenamiento con el resto del equipo, tuvo una aceptable actuación en el debut ante Estados Unidos, triunfo por 4-1. Frente a Colombia marcó un gol de cabeza y otro de tiro libre en la victoria argentina 4-2. El 8 de julio de 2007, en el 4-0 frente a Perú nuevamente marcó dos goles (uno con cada pie) y asistió a Lionel Messi con un gran pase "entre líneas". Ya en las semifinales del torneo, enfrentando a México, asistió en una jugada preparada a Gabriel Heinze y ejecutó con clase un penal (con un suave disparo por encima del arquero) en el definitivo 3-0.

A pesar del buen nivel desplegado a lo largo del certamen, Argentina debió conformarse con el sub-campeonato ya que fue derrotado por 0-3 en la final ante Brasil. Riquelme fue el goleador del seleccionado argentino, marcando un tanto menos que Robinho, quien a la postre resultó el artillero del torneo.
Cuando el 30 de junio de 2007 venció el préstamo, Boca Juniors no logró obtener la extensión del mismo y Riquelme, tras tomarse unas vacaciones, vuelve al Villarreal CF. Si bien el jugador entrenaba con el resto de la plantilla, el técnico Manuel Pellegrini (con la aprobación del presidente del club) decidió no tenerlo en cuenta para la temporada. Aún sin jugar en su club, disputó 4 partidos por Eliminatorias y marcó 4 goles (3 de tiro libre).
Tras arduas negociaciones, el club de La Ribera decidió abonar al Villarreal la suma de U$S 15.000.000 por el pase (mientras que el Villareal paga por año aproximadamente tres millones de euros su sueldo),
en todo concepto, siendo así la suma más alta pagada por un club argentino por un jugador en toda la historia. Firmó contrato desde finales de 2007 hasta 2010, pero no pudo jugar el Mundial de Clubes de aquel año, por disposición de la FIFA, que adujo que no había sido anotado en la lista preliminar. Su primer partido oficial en esta vuelta fue contra Rosario Central (1-1) por el torneo Clausura 2008. Se podía ver a un Riquelme retrasado en el campo y ordenando el avance hacia el arco rival desde el centro y con menos velocidad aunque con la técnica intacta. También disputó la Copa Libertadores, siendo eliminado en semifinales por Fluminense.
En agosto de 2008, Riquelme fue el capitán de la Selección Argentina que obtuvo la medalla de oro en fútbol masculino, en los Juegos Olímpicos de Pekín. Fue, junto a Javier Mascherano y Martín Demichelis, uno los tres jugadores mayores de 23 años seleccionados por el director técnico Sergio Batista. El equipo logró superar la primera fase, quedando primero con 9 puntos, al derrotar a Costa de Marfil (2-1), Australia (1-0) y a Serbia (2-0). En cuartos de final se enfrentó a los Países Bajos, consiguiendo una victoria por 2-1, luego del gol de Ángel Di Maria en tiempo extra. En semifinal le tocó jugar contra Brasil, donde marcó un gol de penalti para sellar la victoria de su selección por 3-0. Finalmente obtuvo la medalla de oro del torneo al ganarle la final a Nigeria por 1-0.

A su regreso, disputó el partido de vuelta de la Recopa Sudamericana en el que Boca se consagró campeón frente a Arsenal de Sarandí, marcando un gol impresionante de tiro libre sobre la hora de finalización del encuentro. Otro título más para su carrera. En diciembre de 2008, Riquelme logra coronarse con Boca como campeón del Torneo Apertura, tras una cerrada puja en las últimas fechas tras la cual emergieron tres equipos con el mismo puntaje, 39 (Boca, Tigre y San Lorenzo de Almagro). La legislación vigente disponía que se jugara un triangular final en terreno neutral a modo de desempate. El primer partido se cerró con una victoria de San Lorenzo de Almagro por sobre Tigre por 2-1. El segundo cruce enfrentó a Boca contra San Lorenzo de Almagro, en uno de los más recordados de los últimos tiempos por la cantidad de tarjetas (14 Amarillas y 2 Rojas) y la emotividad del juego.Riquelme tuvo un desempeño excelente ejecutando el córner que antecedió al gol de cabeza de Lucas Viatri (1-0), asistiendo a Rodrigo Palacio (2-1) y participando en la jugada del último gol de Cristian Chávez (3-1) que dejó sin chances de campeonato al club de Boedo. Por haber recibido su 5º amonestación, Riquelme no pudo jugar en la última fecha del triangular, que consagró a Boca como campeón del torneo pese a la derrota por 1-0 ante Tigre, por contar con mejor diferencia de gol que su rival. En este torneo se demostró la importancia de Riquelme para apuntalar a un equipo que sufrió las ausencias de sus otras figuras descollantes (Martín Palermo y Rodrigo Palacio) durante gran parte del Campeonato.
En marzo de 2009, Juan Román Riquelme en un entrevista que brinda por televisión en Canal 13 de Argentina, decide renunciar en forma definitiva e indeclinable a la Selección de fútbol de Argentina, dirigida por Diego Armando Maradona, por diferencias personales con el técnico. La razón que se supone es el comentario dicho por el director técnico acerca de su nivel en dos partidos que jugó con su actual club Boca Juniors.